Depois de se estabelecer em Green Hills, Sonic está ansioso para provar que tem tudo para ser um verdadeiro herói. Seu teste acontece quando o Dr. Robotnik retorna, desta vez com um novo parceiro, Knuckles, em busca de uma esmeralda que tem o poder de destruir civilizações. Sonic se junta a seu próprio companheiro, Tails, e juntos embarcam em uma jornada pelo mundo para encontrar a esmeralda antes que ela caia em mãos erradas.